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Le C.R.B.P.O.
Centre de Recherches sur la Biologie des Populations d’Oiseaux

Le CRBPO est l’organisme français de gestion du baguage

Bilan du 2e stage d\’analyse de données niveau 3 (Capture-Marquage-Recapture) - Bourgogne
Article mis en ligne le 17 mars 2009
dernière modification le 19 mai 2014
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Le 2e stage d\’analyse de données niveau 3 (Capture-Marquage-Recapture) a eu lieu du 21 au 24 Février 2009 à Prissé, en Bourgogne. Vous trouverez ci-dessous un bilan de ce stage, ainsi que le programme et les fichiers de cours. Imprimer le programme du stage en pdf Télécharger les documents de cours (format ZIP)

 Bilan du stage

Ce 2e stage d\’analyse de données niveau 3 (Capture-Marquage-Recapture, CMR) s\’est encore une fois merveilleusement bien passé, dans une ambiance toujours très conviviale (cf. diaporama). La motivation est resté très haute. Si haute, que j\’avais du mal à freiner les ardeurs (dans le souci de maintenir une certaine efficacité) des participants qui ne s’arrêtaient plus aux pauses et en fin de journée… Nous remercions à nouveau la logistique exemplaire gérée par Frédéric Chapalain et son beau-père, Daniel ! C’est ce qui a été le mieux noté de tout le stage (9.9/10) ! Et merci à Romain pour ses apports toujours très utiles le 4e jour. 11 bagueurs et 3 aide-bagueurs ont participé au stage. Le stage a bien correspondu aux attentes des participants, et a reçu une très bonne appréciation générale (8.4/10). Les points forts : - la contenu général et l’utilité des documents préparés pour le stage. Je rappelle que ces documents ont été préparé de manière à ce qu’ils vous servent de guide à suivre pas à pas lorsque vous vous (re)mettrez aux analyses de CMR. N’hésitez pas à me dire si, en les pratiquant, vous détectez des étapes manquantes. - les cours-TD-TP sur les analyses d’effectif. - La convivialité et la qualité de l’accueil. L’analyse de survie cumulant les étapes conceptuelles et techniques, elle reste la partie délicate. Néanmoins, tout le monde a réussi à effectuer une analyse de survie standard, et c’était l’objectif. Une difficulté est que chacun doit arriver à trouver la vitesse et les seuils de progression qui lui conviennent (indépendamment des autres). L’hétérogénéité des acquis des participants m\’oblige à ‘aller trop loin’ pour certains de manière à en satisfaire d’autres. Je ferai mon possible pour encore améliorer la gestion de cette hétérogénéité de progression, et aider chacun à atteindre ses propres objectifs. A chaque stage son innovation. Avec Romain, nous avons identifié une proposition anticipant l’afflux de vos demandes d’aide à l’analyse (que ce soit pour vous débloquer, ou vous permettre de finaliser). Nous vous proposons donc de recevoir ceux qui le souhaitent 2-3 jours cet été, à Paris. Le but sera de réunir vos problèmes, et les résoudre en direct. D’ici-là, n\’hésitez pas à me faire part de vos difficultés, ainsi que de votre intention de participer à ces consultations en analyse. Nous espérons que cela conciliera efficacement vos attentes avec notre disponibilité. Les 5 participants qui n’avaient pas suivi les stages de niveaux 1&2 avaient bien évalué leurs capacités puisqu’ils n’ont pas rencontré de difficultés particulières. Les autres ont bénéficié de la préparation technique et conceptuelle du stage de niveaux 1&2. La durée du stage (4 jours) est optimale. A nouveau, il a été apprécié que le stage ait lieu en province, à cheval sur un week-end et dans un gîte, permettant de minimiser les frais de stage et les demandes de congés. La même formule est donc à reconduire. Cette fois-ci la pause \’détente\’ n\’a pas été la saine ascension d\’un terril, mais une dégustation de vins à la Cave de Prissé Sologny Verzé offerte par le gîte (cf. diaporama)... Encore merci à tous les participants pour leur motivation en acier galva et leur soutien, et à Frédéric et familia pour la logistique. Pierre-Yves et le CRBPO ----

 Témoignage

Thierry Coulée, jeune bagueur, 2e jour du stage : ‘Serait-il possible que le CRBPO me donne accès à des jeux de données que personne n’a le temps d’analyser ? Tu me donnes envie avec tous ces outils pour l\’analyse... mais je n’ai pas de données, et je n\’ai pas envie d’attendre le jour où j’aurai rassemblé suffisamment de données moi-même pour jouer avec ces logiciels… !’ ----

 Participants

| Délégation | Prenom | NOM | | Bourgogne | Frédéric | CHAPALAIN | | Bourgogne | Brigitte | GRAND | | Bourgogne | Johann | PITOIS | | Champagne-Ardennes | Emmanuelle | FRADIN | | Champagne-Ardennes | Julien | SOUFFLOT | | Ile-de-France | Franz | BARTH | | PACA | Thierry | COULEE | | PACA | Andréa | THIEBAULT | | Pays de la Loire | Julien | FOUCHER | | Pays de la Loire | Willy | RAITIERE | | Rhônes-Alpes | Olivier | CAPARROS | | Rhônes-Alpes | Pierre-Yves | DUBY | | Rhônes-Alpes | Etienne | GIRAUDOT | | Rhônes-Alpes | Raphaël | MUSSEAU | ----

 Thème du stage

Le but du stage est de donner une introduction approfondie et pratique aux bagueurs aux analyses statistiques de données de Capture-Marquage-Recapture, c\’est-à-dire l’analyse des données de « Capture / Non-capture » d’individus au cours du temps. Dans le cadre de ce stage, nous n’abordons pas les analyses statistiques « classiques » (p. ex. variations biométriques, comptages ou données de point d’écoute), qui sont abordées dans le stage de niveaux 1 & 2. _ NB : l\’expérience des précédents stages indique qu\’il est préférable d\’avoir suivi les niveaux 1 (gestion de données) & 2 (analyses statistiques classiques) avant le niveau 3, sauf pour les personnes ayant eu des cours de statistique (p. ex. à l’université). Les buts des analyses statistiques abordées sont : -# l’estimation et l’analyse des variations du nombre d’individus présents sur un site à une période donnée (cf. taille de population) ; -# l’estimation et l’analyse des variations du taux de survie sur un site (cf. probabilité de survie locale). Les activités au cours du stage sont de trois types : -# cours ‘théoriques’ pour donner les concepts minimums nécessaires pour comprendre, par type d’analyse, comment collecter les données, les conditions d’application, la mise en pratique avec le logiciel MARK, et l’interprétation des résultats (je ferai de mon mieux pour que ce soit le plus pratique et le plus court possible) ; -# mise en application de la méthode d’analyse sur des jeux de données mis à la disposition des participants (Travaux ‘Dirigés’) ; -# planification et mise en application sur les jeux de données des participants (Travaux ‘Pratiques’).

 Organisation

_ Coordinateur et intervenant : Pierre-Yves HENRY (henry@mnhn.fr, 06 71 73 57 75, 01 60 47 92 28) _ Autre intervenant (TD et TP) : Romain JULLIARD (julliard@mnhn.fr, 01 40 79 30 81) _ Logistique et accueil des participants : Frédéric CHAPALAIN (frederic.chapalain@wanadoo.fr, 06 72 07 73 32), Délégation Bourgogne & SOBA Nature Nièvre Matériel fourni : - powerpoints des présentations - polycopiés imprimés - jeux de données pour exercices - salle équipée pour 15 personnes (tables, chaises, écran, vidéo projecteur). Matériel à apporter : - un ordinateur - une rallonge et une multiprise - matériel pour prise de note - des données que vous souhaitez analyser. Logiciels à installer sur vos ordinateurs avant le stage (Attention : disponible seulement pour Windows) : - MARK, à télécharger sur : _ http://welcome.warnercnr.colostate.edu/ gwhite/mark/mark.htm#Downloading. ‘New Version …’. Pour les problèmes d’installation sous Vista et Mac, voir : http://welcome.warnercnr.colostate.edu/ gwhite/mark/mark.htm - U-CARE, à télécharger en deux étapes : (1) installer LIBRARIES Version Matlab 7.5 (Windows XP, Vista), puis (2) installer U-CARE Version 2.3, M7.5 (Vista). Les fichiers d\’installations sont disponibles sur : http://www.cefe.cnrs.fr/biom/logiciels.htm. Si U-Care ne se lance pas sur Vista, tout désinstaller, et installer les version 7.2 des deux paquets (cf. forum de U-Care : http://www.phidot.org/forum/viewtopic.php?t=820&highlight=vista). - CLOSE-TEST, à télécharger sur : http://www.fort.usgs.gov/Products/Software/Clostest/ - TEXTPAD, à télécharger sur : http://ns2.01net.fr/outils/telecharger/windows/Bureautique/editeur_de_texte/fiches/3689.html

 Programme

|| Jour 1|| | 10:00-11:00 | Libre | Présentations, Introduction sur fonctionnement et buts du stage | | 10:00-12:30 | Cours | Survol des différentes analyses de CMR (plan d’échantillonnage pour analyses d’effectifs, survie locale, recrutement, émigration, immigration, déplacement entre sites, etc) | | 14:00-15:00 | Cours | Etapes d’une analyses de CMR et concepts associés . (questions <-> analyses <-> données <-> modèles et test d’hypothèses -> estimations) | | 15:00-17:30 | Cours-TD | Estimer un effectif Présentation des logiciels et concepts, avec mise en application simultanée sur une étude de cas | || Jour 2 || | 09:00-12:30 | TP | Problématiques des participants Analyses d\’effectifs sur les données des participants. | | 14:00-17:30 | Cours-TD | Analyser la probabilité de survie locale Présentation intégrée des logiciels et concepts nécessaires, avec mise en application simultanée sur une étude de cas. Inclue la présentation des principes statistiques nécessaires (mise en forme de données, test d’ajustement, construction de modèles pré-définis, interprétation). | || Jour 3 || | 09:00-17:30 | TP | Problématiques des participants. Analyses de survie sur les données des participants. | | | Cours-TD | Intermèdes de cours sur des raffinements pour l’analyse de la survie locale (effet de groupes, du temps, covariables individuelles, correction de défauts d\’ajustements des modèles standards). | || Jour 4 || | 09:00-16:00 | TP | Problématiques des participants (poursuite). | | 16:00-17:00 | Libre | Foire aux questions, évaluation, rangement et départs |

 Agenda

Stage de 4 jours consécutifs (samedi à mardi) : 21-24 Février 2009

 Lieu du stage

Gîte rural : _ Le Manoir des Grandes Vignes - Les Grandes Vignes - 71960 Prissé - _ Tél : 03 85 37 84 99 - Fax : 03 85 37 83 34 _ E-mail : manoirdesgrandesvignes@wanadoo.fr _ Site internet : http://www.manoir-des-grandes-vignes.com/ Modes d’accès : - En voiture : _ localiser avec Mappy ou ViaMichelin - En train : _ la gare la plus proche est celle de Mâcon-Loché TGV (5 minutes du lieu de stage). Vous pouvez aussi arriver à Macon ville en fonction des trains. Envoyez un e-mail avec vos dates et horaires aux organisateurs pour organiser les co-voiturages gare-gîte.

 Hébergement et restauration

Logement sur place, au gîte : 75 € par personne pour 4 jours. Nous centralisons les réservations ; ne réservez pas directement auprès du gîte. Restauration : sur place, Frédéric Chapalain a trouvé un cuisinier. Pour les frais de restauration (petits déjeuners, repas, boissons) et de ménage du gîte, il faudra compter environ 80 € par personne pour les 4 jours.

 Participants

Nombre limité à 14 personnes, incluant bagueurs et aide-bagueurs.

 Frais du stage

_ Frais de stage : aucun (financé par le CRBPO) _ Frais de transport, restauration et logement : à la charge des participants

 Prise en compte comme \’Formation\’

Ce stage peut être déclaré comme une formation auprès de votre employeur car il est dispensé par du personnel enseignant-chercheur du Muséum National d\’Histoire Naturelle (organisme agréé à dispenser des formations par le Ministère du Travail sous le numéro 1175P009775).




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