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Le C.R.B.P.O.
Centre de Recherches sur la Biologie des Populations d’Oiseaux

Le CRBPO est l’organisme français de gestion du baguage

Bilan du 3e stage d\’analyse de CMR (niveau 3) - Aquitaine - Mars 2010
Article mis en ligne le 16 août 2010
dernière modification le 19 mai 2014
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Le 3e stage niveau 3 a eu lieu le 8-11 mars 2010 au Teich (Gironde). Vous trouverez ci-dessous un bref bilan de ce stage. Pour avoir une idée du contenu de ces stages, voir la description en pdf et les fichiers de cours (ZIP).

 Bilan du stage

Ce 3e stage d\’analyse de données niveau 3 (Capture-Marquage-Recapture, CMR) s\’est encore une fois très bien passé. Nous remercions Christian Paucot (et le Parc Ornithologique du Teich) qui a rendu possible ces stages en Aquitaine en s’occupant de la logistique (tout en ne bénéficiant pas du stage niveau 3, du fait de problèmes familiaux). Et merci à Aggeliki Doxa qui a été d’une aide très précieuse pour aider à la mise en pratique le 4e jour. 8 bagueurs, 3 aide-bagueurs et une collaboratrice (doctorante) ont participé au stage. Une pensée pour Julien Gonin et Philippe Delaporte qui ont dû se désister en dernière minute suite à la tempête Xynthia et des difficultés familiales. Le stage a reçu une très bonne appréciation générale (8.4/10), identique au stage de Mâcon. Notons toutefois une tendance vers une meilleure homogénéité des appréciations entre stagiaires et entre parties du stage… J’espère pouvoir y voir un effet des améliorations apportées d’un stage à l’autre… Les points forts : - la contenu général, l’utilité des documents préparés pour le stage et la qualité de l’organisation sur place. Je rappelle que ces documents ont été préparé pour vous servir de guide à suivre pas à pas lorsque vous vous (re)mettez aux analyses de CMR. N’hésitez pas à me dire si, en les pratiquant, vous détectez des étapes manquantes. Et surtout, faites-moi confiance, et essayez de vous y remettre en utilisant les documents comme fil d’Ariane… - les cours-TD sur les analyses d’effectif. L’analyse de survie est plus compliquée. La partie de cours et la mise en application sur vos données du dernier jour ont toutefois reçue une meilleure appréciation que l’année dernière. La partie sur l’analyse de survie sera encore à améliorer (plusieurs pistes prévues, notamment envisager d’avoir deux encadrants dès le 3e jour – mes remerciements à Maud Marsot pour son aide lors de ce 3e jour). Cette fois-ci les pauses \’détente\’ ont permis de profiter de l’avifaune locale, avec 80 espèces contactées (liste préparée par Jérôme Fournier, coche du Goéland à bec cerclé pour certains (comme d’hab, trouvé par la néophyte du groupe !) et modeste collecte de contrôles de bague (5 cigognes blanches locales, 1 barge à queue noire, baguée le 26/02/2009 à Moëze, vue le 30/05/2009 aux Pays-Bas, et pas vue depuis). Encore merci à tous les participants pour leur motivation et leur détermination. Pierre-Yves et le CRBPO PS : Mes excuses pour le délai à mettre en ligne ce bilan de stage… ----

 Participants

| Délégation | Prenom | NOM | | Aquitaine | CANEVET | Marie-Françoise | | Aquitaine | CARDONNEL | Sylvain | | Aquitaine | COUILLENS | Bertrand | | Aquitaine | COUILLENS | Bertrand | | Aquitaine | DUPUY | Frédéric | | Aquitaine | LECONTE | Michel | | Aquitaine | PAUCOT | Christian | | Auvergne | MARSOT | Maud | | Ile-de-France | HUOT | Rémi | | Limousin | NORE | Thérèse | | Lorraine | AUBRY | Philippe | | Normandie | FOURNIER | Jérôme | | Pays-de-la-Loire | PRINTEMPS | Thierry | ----

 Thème du stage

Le but du stage est de donner une introduction approfondie et pratique aux bagueurs aux analyses statistiques de données de Capture-Marquage-Recapture, c\’est-à-dire l’analyse des données de « Capture / Non-capture » d’individus au cours du temps. Dans le cadre de ce stage, nous n’aborderons pas les analyses statistiques « classiques » (p. ex. variations biométriques, comptages ou données de point d’écoute), qui ont été abordées dans le stage de niveaux 1 & 2. _ NB : l\’expérience du premier stage indique qu\’il est préférable d\’avoir suivi les niveaux 1 (gestion de données) & 2 (analyses statistiques classiques) avant le niveau 3, sauf pour les personnes ayant eu des cours de statistique (p. ex. à l’université). Les buts des analyses statistiques abordées seront : -# l’estimation et l’analyse des variations du nombre d’individus présents sur un site à une période donnée (cf. taille de population) ; -# l’estimation et l’analyse des variations du taux de survie sur un site (cf. probabilité de survie locale). Les activités au cours du stage seront de trois types : -# cours ‘théoriques’ pour donner les concepts minimums nécessaires pour comprendre, par type d’analyse, comment collecter les données, les conditions d’application, la mise en pratique avec le logiciel MARK, et l’interprétation des résultats (je ferai de mon mieux pour que ce soit le plus pratique et le plus court possible) ; -# mise en application de la méthode d’analyse sur des jeux de données mis à la disposition des participants (Travaux ‘Dirigés’) ; -# planification et mise en application sur les jeux de données des participants (Travaux ‘Pratiques’).

 Organisation

_ Coordinateur et intervenant : Pierre-Yves HENRY (henry@mnhn.fr, 06 71 73 57 75, 01 60 47 92 28) _ Autre intervenant (TP) : Aggeliki DOXA (doxa@mnhn.fr) _ Logistique et accueil des participants : Christian PAUCOT (christian.paucot@orange.fr, 05 57 12 03 55 / 06 27 32 03 09), Délégation Aquitaine Matériel fourni : - powerpoints des présentations - polycopiés imprimés - jeux de données pour exercices - salle équipée pour 14 personnes (tables, chaises, écran, vidéo projecteur). Matériel à apporter : - un ordinateur - matériel pour prise de note - des données que vous souhaitez analyser - une rallonge et une multiprise - des produits régionaux, diaporamas ou films pour animer les soirées. Logiciels à installer sur vos ordinateurs avant le stage (Attention : disponible seulement pour Windows. Si vous avez des problèmes d’installation, contactez Pierre-Yves dès que possible ; n’attendez pas le stage) : - MARK, à télécharger sur : _ http://welcome.warnercnr.colostate.edu/ gwhite/mark/mark.htm#Downloading ‘New Version …’. Pour les problèmes d’installation sous Vista et Mac, voir : http://welcome.warnercnr.colostate.edu/ gwhite/mark/mark.htm - U-CARE, à télécharger en deux étapes : (1) installer LIBRARIES Version Matlab 7.5 (Windows XP, Vista), puis (2) installer U-CARE Version 2.3, M7.5 (Vista). Les fichiers d\’installations sont disponibles sur : http://www.cefe.cnrs.fr/biom/logiciels.htm. Si U-Care ne se lance pas sur Vista, désinstaller les Libraries et U-Care 2.3, et installer les version 7.2 des deux paquets (cf. forum de U-Care : http://www.phidot.org/forum/viewtopic.php?t=820&highlight=vista). - CLOSE-TEST, à télécharger sur http://www.fort.usgs.gov/Products/Software/Clostest/ - TEXTPAD, à télécharger sur http://ns2.01net.fr/outils/telecharger/windows/Bureautique/editeur_de_texte/fiches/3689.html

 Programme prévisionnel

|| Jour 1|| | 10:00-11:00 | Libre | Présentations, Introduction sur fonctionnement du stage | | 11:00-12:30 | Cours | Principe des différentes analyses de CMR (plan d’échantillonnage pour analyses d’effectifs, survie locale, recrutement, émigration, immigration, déplacement entre sites, etc) | | 14:00-15:00 | Cours | Etapes d’une analyse de CMR et concepts associés (quelles questions <-> quelles analyses <-> quelles données <-> modèles et test d’hypothèses -> estimations) | | 15:30-18:00 | Cours - TP | Estimer un effectif. Présentation des logiciels et concepts, avec mise en application simultanée sur une étude de cas | || Jour 2 || | 09:00-12:30 | TP | Problématiques des participants. Analyses d\’effectifs sur les données des participants. | | 14:00-17:30 | Cours - TD | Analyser la probabilité de survie locale. Présentation intégrée des logiciels et concepts nécessaires, avec mise en application simultanée sur une étude de cas. Inclue la présentation des principes statistiques nécessaires (mise en forme de données, test d’ajustement, construction de modèles pré-définis, interprétation). | || Jour 3 || | 09:00-17:30 | TP | Problématiques des participants. Analyses de survie sur les données des participants. | | | Cours - TD | Intermèdes de cours sur des raffinements pour l’analyse de la survie (effets de groupes, du temps, covariables individuelles, hétérogénéité de la probabilité de recapture). | || Jour 4 || | 09:00-16:00 | TP | Problématiques des participants. Approfondissement des analyses de survie sur les données des participants. | | 16:00-17:00 | Libre | Foire aux questions, évaluation, rangement et départs |

 Agenda

Stage de 4 jours consécutifs (samedi à mardi) : 8-11 Mars 2010

 Lieu du stage

Parc Ornithologique du Teich (commune du Teich, Gironde) Modes d’accès : - En voiture : voir les instructions sur la page « Accès » du site internet du Parc. Sinon localiser avec Mappy ou ViaMichelin - En train : la gare « Le Teich » (ligne Bordeaux-Arcachon) est à 15 min du Parc. Envoyez un e-mail avec vos dates et horaires aux organisateurs pour organiser les co-voiturages gare-Parc.

 Hébergement et restauration

Logement et restauration sur place : 55.60 € par jour par personne en pension complète (nuitée + pdj + deux repas). Ne réservez pas auprès du Parc. Christian PAUCOT (christian.paucot@orange.fr, 05 57 12 03 55) centralise les réservations]. Pour qu’il fasse votre réservation, envoyez-lui avant le 15 Février 2010 les informations suivantes. - Dates et nombre de journées en pension complète (2 repas, 1 pdj, 1 nuitée, 55,60 € par jour et par personne) ; - Dates et nombre de journées en demi pension (1 repas, 1pdj, 1 nuitée, 44,60 € par jour et par personne) ; - Dates et nombre de nuitée seule (1pdj, 1 nuitée, 33,60 € par nuit et par personne) ; - Dates et nombre de repas seuls (11 € par repas par personne).

 Participants

Nombre limité à 14 personnes, incluant bagueurs et aide-bagueurs.

 Frais du stage

_ Frais de stage : aucun (financé par le CRBPO) _ Frais de transport, restauration et logement : à la charge des participants

 Prise en compte comme \’Formation\’

Ce stage peut être déclaré comme une formation auprès de votre employeur car il est dispensé par du personnel enseignant-chercheur du Muséum National d\’Histoire Naturelle (organisme agréé à dispenser des formations par le Ministère du Travail sous le numéro 1175P009775 ; numéro de SIRET 18004417400019).




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