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Le C.R.B.P.O.
Centre de Recherches sur la Biologie des Populations d’Oiseaux

Le CRBPO est l’organisme français de gestion du baguage

Bilan du stage d’analyse de données de Guyane (niveaux 1&2&3) – Août 2012
Article mis en ligne le 26 novembre 2012
dernière modification le 19 mai 2014
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Le jeune et dynamique groupe de baguage de Guyane française s’est efficacement mobilisé pour qu’un stage d’analyse de données de baguage d’oiseaux ait lieu cet été à Cayenne. Ce stage s’est déroulé du 7 au 16 août 2012. Les coûts de transport et d’hébergement étant élevés pour un stage outre-mer ont conditionné l’organisation de ce stage à l’obtention de financements pour couvrir les frais de mission des formateurs. Nous remercions en particulier Antoine Hauselmann (Réserve Naturelle Nationale de l’Île du Grand Connétable) et Thomas Luglia (GEPOG) pour l’obtention de ce financement partiel auprès de TE ME UM, ainsi que pour la qualité de leur préparation logistique pour ce stage. Nous sommes grés également à la DEAL Guyane pour la mise à disposition de salles de travail, et à Thomas Luglia, Alizée Ricardou, Jean-Luc Sibille et Sylvain Uriot pour l’hébergement « chez l’habitant », et les découvertes de terrains de baguage.

Vous trouverez ci-dessous un bilan de ce stage.

Pour avoir une idée du contenu de ces stages, voir la description en pdf pour les niv. 1&2 et le niv. 3. Les fichiers de cours sont également disponibles pour chacun des stages (niv. 1, niv. 2, niv. 3).

 Bilan du stage

8 bagueurs, 4 aide-bagueurs et 2 personnes impliquées dans la gestion de programmes de marquage ont participé au stage (avec notamment des données de suivi photographique de dendrobates).

Les stages ont reçu les meilleures appréciations générales (9.3/10 pour niv. 1&2 ; 8.9 pour niv. 3) depuis la création des stages d’analyse de données ! Ceci est probablement dû au fait que les participants étaient en grande partie des « jeunes », ayant fini depuis peu des formations initiales techniques ou académiques les pré-disposant à l’analyse de données et aux questions de suivis de populations.

Les points forts et faibles :

  • pour les niv. 1&2, les évaluations sont particulièrement bonnes et homogènes pour les 4 jours (9.4/10), avec une petite baisse le dernier jour pour les régressions linéaires (9.0). La durée de 4 jours a semblé un peu trop courte.
  • pour le niv. 3, les deux premiers jours portant sur les estimations d’effectif et l’analyse de survie de base ont été vraiment très bien appréciés (9.4), avec une baisse de l’appréciation lorsque l’on est rentré dans les raffinements de l’analyse de survie (8.3), une partie dont la structuration mérite d’être affinée.
  • la qualité de l’organisation sur place a également été particulièrement bien appréciée (9.5).
  • l’expérience confirme qu’une formule en 2 x 4 jours séparés par une week-end est tout à fait tenable pour les stagiaires comme les formateurs, et est donc adaptée pour la mise en œuvre des stages dans les DOM-TOM (la contrainte du coût des voyages inter-continentaux dissuadant de faire deux stages différents). Nous avions eu la même conclusion à la suite du stage de Martinique.
  • un des résultats scientifiques intéressants à explorer est que, même pour les suivis réguliers de populations (type STOC / SPOL), il y a une très forte proportion d’individus en transit (c’est-à-dire jamais recapturé après leur baguage). Ce phénomène ne se retrouve pas en métropole. Cette forte mobilité est une propriété connue des populations d’oiseaux tropicaux. Une piste serait d’exploiter cette variation de taux d’individus en transit pour identifier des sites, ou des habitats, favorisant la ‘sédentarisation’ des individus (ou la réduction en surface de leur espace vital).

Pour découvrir et partager l’ambiance de ce stage (et du week-end de repos), téléchargez les photos du stage. Tout le monde peut y déposer ses photos.
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Encore merci à tous les participants pour leur motivation et leurs encouragements.

Pierre-Yves, Olivier et le CRBPO


 Participants niveaux 1&2

Délégation NOM Prénom
Guadeloupe LEBLOND Gilles
Guyane COBIGO Maxime
Guyane DEVILLECHABROLLE Jennifer
Guyane HAUSELMANN Antoine
Guyane LUGLIA Thomas
Guyane MAILLE Sophie
Guyane PELLETIER Vincent
Guyane PROUX Laetitia
Guyane RICARDOU Alizée
Guyane SZPIGEL Jean-François
Guyane VRIGNAUD Ombeline

 Participants niveaux 3

Délégation NOM Prénom
Guadeloupe LEBLOND Gilles
Guyane BEDEAU Caroline
Guyane COBIGO Maxime
Guyane DEVILLECHABROLLE Jennifer
Guyane HAUSELMANN Antoine
Guyane LUGLIA Thomas
Guyane MAILLE Sophie
Guyane RICARDOU Alizée
Guyane STIER Anna
Guyane VRIGNAUD Ombeline

 Thème du stage niv. 1 & 2

Le but de ces deux stages est de donner une introduction approfondie et pratique à la gestion (Niveau 1) et l’analyse (Niveau 2) de données de baguage d’oiseaux avec des méthodes simples, disponibles dans Excel.

Le stage de niveau 1 portera sur la gestion de données : tri, filtre, synthèses et représentations graphiques automatisées à l’aide de tableaux croisés dynamiques, et transformations de données à l’aide de fonctions. L’objectif est de vous fournir des outils vous permettant de vérifier vos données, produire des bilans chiffrés, et préparer les données pour des analyses statistiques (cf. niveau 2).
Le stage de niveau 2 portera sur l’analyse statistique des données. Nous traiterons des méthodes de test de différence de proportions entre des échantillons (p. ex. âge-ratio, taux de retour), de test de différence de moyenne (p. ex. biométrie, indice de condition corporelle, indice de mue, indice de productivité entre sites), et d’analyse de relations entre variables par régression linéaire (p. ex. relation masse - longueur d’aile, masse - date).

En fonction de vos attentes, vous pouvez choisir de ne participer qu’à l’un des deux stages (niveau 1 ou 2), ou aux deux.

Les activités au cours du stage seront de 3 types :

  1. cours ‘théoriques’ pour donner les concepts minimums nécessaires pour comprendre, par type d’analyse, comment collecter et organiser les données, les conditions d’application des tests, la mise en pratique sous Excel, et l’interprétation des résultats ;
  2. mise en application des méthodes sur des jeux de données mis à la disposition des participants (Travaux ‘Dirigés’) ;
  3. mise en application sur les données des participants (Travaux ‘Pratiques’).

Dans le cadre de ce stage, nous n’aborderons pas les analyses statistiques de capture-marquage-recapture (p. ex. estimation d’effectif, de survie locale). Ces analyses sont l’objet du stage de niveau 3. Des stages précédents, il est ressorti qu’il est préférable de suivre le niveau 1&2 avant le niveau 3, sauf pour les personnes ayant eu des cours de statistique (p. ex. à l’université).

 Organisation

Coordinateur et intervenant : Pierre-Yves HENRY (henry@mnhn.fr, 06 71 73 57 75, 01 60 47 92 28)
Intervenant : Olivier DEHORTER (dehorter@mnhn.fr, 01 40 79 30 83)
Logistique et accueil des participants : Antoine HAUSELMAN grand.connetable@espaces-naturels.fr, 05 94 39 00 45, Réserve Naturelle Nationale de l’Île du Grand Connétable)

Matériel fourni :

  • powerpoints des présentations et polycopiés imprimés ;
  • jeux de données pour exercices ;
  • salle équipée pour 20 personnes (tables, chaises, écran, vidéo projecteur).

Matériel à apporter :

  • un ordinateur par personne avec Excel installé (version 2003 ou plus récent) ;
  • une rallonge et une multiprise ;
  • matériel pour prise de note ;
  • des données que vous souhaitez analyser ;
  • produits régionaux, diaporamas et/ou films pour les soirées !

 Programme

NIVEAU 1 – GESTION DE DONNEES

Jour 1
9:30-10:30 Libre Présentations, introduction sur fonctionnement du stage.
10:30-12:30 Cours et TD Gestion de données par tri, filtre et tableau croisé dynamique : principes et applications possibles.
14:00-17:30 TP Problématiques des participants : application aux jeux de données des participants.
Jour 2
9:00-11:00 TP Problématiques des participants (suite).
11:00-12:30 Cours et TD Gestion de données avec des fonctions : principes et applications possibles.
14:00-17:30 TP Problématiques des participants. Préparation de jeux de données pour analyses de proportions, moyennes et régression linéaire.

NIVEAU 2 – ANALYSES DE DONNEES

Jour 3
09:00-10:30 Cours et TD Analyses statistiques classiques. Inclue la présentation des principes statistiques nécessaires et des outils disponibles (test d’hypothèses ; interprétation de tests statistiques, ajustement d’un modèle à des données, fonctions sous excel).
10:45-11:00 Cours et TD Comparaison de proportions.
11:00-12:00 TP Problématiques des participants : analyse de jeux de données impliquant des comparaisons de proportions.
14:00-14:30 Cours et TD Comparaison de moyennes.
14:30-17:00 TP Problématiques des participants : analyse de jeux de données impliquant des comparaisons de moyennes.
Jour 4
09:00-10:00 Cours et TD Corrélation et régression linéaire
10:00-12:00 TP Problématiques des participants. Analyse de jeux de données impliquant des corrélations.
13:30-16:00 TP Problématiques des participants (suite).
16:00-17:00 Libre Foire aux questions, évaluation et départs.

 Agenda

Deux stages de 2 jours consécutifs : le lundi 7 et mardi 8 août 2012 (Niveau 1) et mercredi 9 et jeudi 10 août 2012 (Niveau 2).

 Lieu du stage

Lieu : à déterminer
Contact : Antoine HAUSELMAN (grand.connetable@espaces-naturels.fr)

 Restauration

Restaurant dans les environs ( 15 € par repas).

 Participants

Nombre limité à 20 personnes, incluant bagueurs, aide-bagueurs et personnels scientifiques des espaces protégés.

 Frais du stage

Frais de stage : aucun, financé par le CRBPO et TE ME UM.
Frais de location de salle : mise à disposition par DEAL Guyane.
Frais de transport, restauration et logement : à la charge des participants.

 Prise en compte comme formation

Ce stage peut être déclaré comme une formation auprès de votre employeur car il est dispensé par du personnel enseignant-chercheur du Muséum National d’Histoire Naturelle (organisme agréé à dispenser des formations par le Ministère du Travail sous le numéro 1175P009775).


 Thème du stage niv. 3

 Thème du stage

Le but du stage est de donner une introduction approfondie et pratique aux bagueurs aux analyses statistiques de données de Capture-Marquage-Recapture, c’est-à-dire l’analyse des données de « Capture / Non-capture » d’individus au cours du temps. Dans le cadre de ce stage, nous n’aborderons pas les analyses statistiques « classiques » (p. ex. variations biométriques, comptages ou données de point d’écoute), qui sont abordées dans les stages de niveaux 1 & 2.
NB : l’expérience des précédents stages indique qu’il est préférable d’avoir suivi les niveaux 1 (gestion de données) & 2 (analyses statistiques classiques) avant le niveau 3, sauf pour les personnes ayant eu des cours de statistique (p. ex. à l’université).

Les buts des analyses statistiques abordées seront :

  1. l’estimation et l’analyse des variations du nombre d’individus présents sur un site à une période donnée (cf. taille de population) ;
  2. l’estimation et l’analyse des variations du taux de survie sur un site (cf. probabilité de survie locale).

Les activités au cours du stage seront de trois types :

  1. cours ‘théoriques’ pour donner les concepts minimums nécessaires pour comprendre, par type d’analyse, comment collecter les données, les conditions d’application, la mise en pratique avec le logiciel MARK, et l’interprétation des résultats (je ferai de mon mieux pour que ce soit le plus pratique et le plus court possible) ;
  2. mise en application de la méthode d’analyse sur des jeux de données mis à la disposition des participants (Travaux ‘Dirigés’) ;
  3. planification et mise en application sur les jeux de données des participants (Travaux ‘Pratiques’).

 Organisation

Coordinateur et intervenant : Pierre-Yves HENRY (henry@mnhn.fr, 06 71 73 57 75, 01 60 47 92 28)
Autre intervenant (TP) : Olivier DEHORTER (dehorter@mnhn.fr, 01 40 79 30 83)
Logistique et accueil des participants : Antoine HAUSELMAN grand.connetable@espaces-naturels.fr, 05 94 39 00 45, Réserve Naturelle Nationale de l’Île du Grand Connétable)

Matériel fourni :

  • powerpoints des présentations
  • polycopiés imprimés
  • jeux de données pour exercices
  • salle équipée pour 14 personnes (tables, chaises, écran, vidéo projecteur).

Matériel à apporter :

  • un ordinateur
  • matériel pour prise de note
  • des données que vous souhaitez analyser
  • une rallonge et une multiprise
  • des produits régionaux, diaporamas ou films pour animer les soirées.

Logiciels à installer sur vos ordinateurs avant le stage (Attention : disponible seulement pour Windows. Si vous avez un Mac, vous devez absolument installer Virtual PC sur votre ordinateur, sinon vous ne pourrez pas faire les applications sur vos données. Si vous avez des problèmes d’installation, contactez Pierre-Yves dès que possible ; n’attendez pas le stage) :

 Programme prévisionnel

Jour 1
09:00-11:00 Libre Présentations, Introduction sur fonctionnement du stage
11:00-12:30 Cours Principe des différentes analyses de CMR (plan d’échantillonnage pour analyses d’effectifs, survie locale, recrutement, émigration, immigration, déplacement entre sites, etc)
14:00-15:00 Cours Etapes d’une analyse de CMR et concepts associés (quelles questions <-> quelles analyses <-> quelles données <-> modèles et test d’hypothèses -> estimations)
15:30-18:00 Cours - TP Estimer un effectif. Présentation des logiciels et concepts, avec mise en application simultanée sur une étude de cas
Jour 2
09:00-12:30 TP Problématiques des participants. Analyses d’effectifs sur les données des participants.
14:00-17:30 Cours - TD Analyser la probabilité de survie locale. Présentation intégrée des logiciels et concepts nécessaires, avec mise en application simultanée sur une étude de cas. Inclue la présentation des principes statistiques nécessaires (mise en forme de données, test d’ajustement, construction de modèles pré-définis, interprétation).
Jour 3
09:00-17:30 TP Problématiques des participants. Analyses de survie sur les données des participants.
Cours - TD Intermèdes de cours sur des raffinements pour l’analyse de la survie (effets de groupes, du temps, covariables individuelles, hétérogénéité de la probabilité de recapture).
Jour 4
09:00-17:00 TP Problématiques des participants. Approfondissement des analyses de survie sur les données des participants.

 Agenda

Stage de 4 jours consécutifs (lundi à jeudi) : 13-16 Août 2012

 Lieu du stage

Lieu : à déterminer
Contact : Antoine HAUSELMAN (grand.connetable@espaces-naturels.fr)

 Restauration

Restaurant dans les environs ( 15 € par repas).

 Participants

Nombre limité à 14 personnes, incluant des bagueurs, des aide-bagueurs et autres personnes impliquées dans l’analyse des données de baguage.

 Frais du stage

Frais de stage : aucun, financé par le CRBPO et TE ME UM.
Frais de location de salle : mise à disposition par DEAL Guyane.
Frais de transport, restauration et logement : à la charge des participants.

 Prise en compte comme ’Formation’

Ce stage peut être déclaré comme une formation continue auprès de votre employeur car il est dispensé par du personnel enseignant-chercheur du Muséum National d’Histoire Naturelle (organisme agréé à dispenser des formations par le Ministère du Travail sous le numéro 1175P009775 ; numéro de SIRET 18004417400019).




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