Collection d’ADN de haute qualité pour production de génomes de référence
Article mis en ligne le 23 décembre 2021
dernière modification le 30 mars 2022

 Objectif du projet

Dans le cadre du Programme Personnel n°1096 (GenOise), Jérôme Fuchs étudie les patrons de diversification des oiseaux à l’aide de données génomiques.
L’objectif de ce projet est d’assembler un génome de références pour la majorité d’espèces d’oiseaux, ce qui permet ensuite de répondre à des questions fondamentales en évolution (structuration génétique, évolution des génomes, démographie). Pour ce faire, il faut disposer d’une collection d’ADN de haute qualité.
Jérôme Fuchs organise la collecte et la mise à disposition des échantillons de sang pour cette étude pour la France métropolitaine. Il se déplacera pour effectuer les prélèvements sanguins afin de les préserver immédiatement à -80°C, température qui permet une conservation optimale de l’ADN contenu dans les prélèvements sanguins avant extraction.

 Méthodologie

Les méthodes de captures seront adaptées aux espèces à échantillonner. Ces méthodes seront autorisées dans le cadre de ce programme personnel, en même temps que de l’ajout du bagueur compétent pour la capture de l’espèce concernée. Le nombre d’individus à échantillonner est limité à deux individus par espèce (1 mâle, 1 femelle). Pour les espèces nichant en France, les captures en période de nidification seront privilégiées.

Le prélèvement est une prise de sang par effraction cutanée au niveau de la veine alaire. Le volume de sang à prélever sera déterminé en fonction de la masse de l’individu (à raison d’un prélèvement maximal de 0.8% de la masse). Idéalement, 50-75 µL sont dans la plupart des cas faciles à prélever et bien en deçà de la limite pour les espèces de la liste.

 Espèces à échantillonner

Pour les espèces suivies d’un astérisque, un individu a déjà été échantillonné, et il ne reste qu’un échantillon à obtenir.

Netta rufina
Aythya fuligula
Aythya ferina
Anser anser
Branta leucopsis
Alopochen aegyptica
Tadorna tadorna
Tadorna ferruginea
Aix galericulata
Anas strepera
Anas querquedula
Anas clypeata
Bucephala clangula
Mergus merganser
Oxyura jamaicensis
Lagopus muta
Tetrao tetrix
Alectoris graeca
Podiceps nigricollis
Plegadis falcinellus
Crex crex
Porzana parva
Porzana pussilla
Ardeola ralloides
Charadrius dubius
Charadius hiaticola
Charadrius alexandrinus
Charadrius morinellus
Calidris alba
Calidris ferruginea
Calidris maritima
Arenaria interpres
Himantopus himantopus
Tringa glareola
Tringa totanus
Tringa erythropus
Numenius phaeopus
Gelochiledon nilotica
Chlidonas hybrida
Chlidonias niger
Larus audouini
Glareola pratincola
Pterocles alchata
Dendrocopos leucotos
Picoides tridactylus
Nucifraga caryocatactes
Galerida cristata
Galerida theklae
Lullula arborea *
Calandrella brachydactyla
Melanocopryha calandra
Hirundo daurica *
Anthus trivialis *
Anthus petrosus
Oenanthe hispanica *
Saxicola rubetra
Turdus torquatus
Monticola saxatilis
Ficedula albicollis
Sylvia conspicillata
Sylvia subalpina (= moltonii)
Hippolais icterina *
Phylloscopus sibilatrix
Phylloscopus ibericus
Leiothrix lutea *
Lanius meridionalis
Lanius collurio
Lanius excubitor
Lanius minor
Tichodroma muraria *
Emberiza cia
Miliaria calandra *
Sturnus unicolor
Serinus citrinella
Carpodacus erythrinus

 Qui peut participer ?

Tous les bagueurs ayant des opportunités pour capturer l’une des espèces cibles peuvent participer, soit dans le cadre des programmes en cours autorisés par le CRBPO, soit dans le cadre de captures spécifiques pour ce programme. Ce sont les connaissances locales de ces bagueurs qui permettront d’atteindre l’objectif de couverture taxonomique fixé. Les captures et prélèvements sanguins seront réalisés uniquement en présence de Jérôme Fuchs (sauf pour les bagueurs formés à la prise de sang et possédant un dispositif de conservation à -80°C portable).

 Comment participer ?

Si vous souhaitez aider ce projet et que vous pensez pouvoir capturer certaines des espèces listées ci-dessus, contactez Jérôme Fuchs par e-mail, en lui indiquant :
• Vos nom, prénom et email,
• Les espèces qu’il vous semble possible d’échantillonner.

En cas de validation de votre participation et quand les captures impliquent des captures hors des programmes déjà autorisés, Jérôme informera le CRBPO pour que vous soyez également ajoutés au programme personnel 1096.