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Bilan des stages d’analyse de données du NPDC (niveaux 1&2&3) – Octobre-Novembre 2013

Le dynamique groupe de bagueurs du Nord-Pas de Calais (fédéré au sein de l’association CAP-ORNIS Baguage) a demandé à être resservi… et c’est chose faite ! Ce même groupe avait essuyé les plâtres de la première version du stage d’analyse de données de capture-recapture, en 2008. Et pour garder les bonnes habitudes, on leur a fait essuyer de nouveaux plâtres tous frais : le stage d’analyse de données niveau 2 (analyses statistiques classiques) se fait dorénavant avec le logiciel R, et non plus avec Excel ! Ces stages se sont déroulés en octobre (niv. 1&2 – Gestion et analyse de données classiques) et décembre 2013 (niv. 3 – Analyses de capture-recapture). Les coûts d’hébergement ont été pris en charge par CAP-ORNIS Baguage. Nous remercions en particulier Albert Millot (président de CAP-ORNIS Baguage), pour sa détermination à organiser ces stages, la fluidité de la logistique, sa bonne humeur et son efficacité qui en ont fait un GO parfait. Nous sommes grés également au Parc Naturel Régional des Caps et Marais d’Opale pour nous avoir hébergés dans ses locaux à Le Wast pendant ces 8 jours. Ces stages ont également bénéficié d’un soutien de la région Nord-Pas de Calais, au travers de l’embauche de Manon Ghislain, co- encadrante de ce stage, dans le cadre du projet de recherche DEMOSPACE.

Vous trouverez ci-dessous un bilan de ces trois stages.

Pour avoir une idée du contenu de ces stages, voir la description en pdf pour les niv. 1&2 et le niv. 3. Les fichiers de cours sont également disponibles pour chacun des stages (niv. 1, niv. 2, niv. 3).

 Bilan du stage niv. 1&2

13 bagueurs et 3 aide-bagueurs ont participé au stage.
Le stage niveau 1 a reçu comme à l’habitude une très bonne appréciation (9.1/10). Le stage d’analyses statistiques classiques a plus échaudé l’auditoire (7.7/10), du fait que la mise en œuvre était à faire avec le logiciel R, en anglais, commandé par des lignes de code et dont la convivialité laisse rêveur... C’était aussi la première fois que ce cours se faisait avec ce logiciel. Nous avons identifié plusieurs améliorations à mettre en œuvre dès le prochain stage. A terme, le passage au logiciel R aura de multiples avantages : c’est LE logiciel gratuit d’analyses statistiques, avec lequel toutes analyses peuvent être faites (des plus simples au plus complexes) et il permet de collaborer à distance sur des analyses statistiques (en s’échangeant le fichier de donnés et les codes d’analyse). Il nous reste à améliorer le compromis entre coûts imposés par l’interface du logiciel et bénéfices à moyen terme d’une meilleure et plus grande utilisation des données de baguages par - et pour - les bagueurs et leurs collaborateurs.

 Bilan du stage niv. 3

9 bagueurs et 2 aide-bagueurs ont participé au stage.
Comme les précédents stages, ce stage niv. 3 a été très bien apprécié, tant la partie sur les estimations d’effectifs que l’analyse de survie locale (8.9/10), avec une classique baisse de motivation face aux raffinements de l’analyse de survie (8.2/10). Les faits inspirants scientifiquement qui ont émergé des analyses réalisées sont (i) le fait qu’en hiver, certaines populations de mésanges fréquentant les mangeoires sont très mobiles (on ne trouve pas de période au sein de l’hiver où la population est dite « fermée »), alors que sur d’autres sites, il y a bien établissement d’une population hivernante résidente (population fermée). L’idée est donc venue de mouliner tous les jeux de données de SPOL Mangeoire de la région, pour les mésanges charbonnières et bleues, ainsi qu’un fringille granivore, pour explorer s’il existe une structuration spatiale de ce degré de fidélité intra-hiver à une mangeoire. L’idée est lancée… (ii) L’autre point porte sur la halte migratoire postnuptiale des rousserolles effarvates et des phragmites des joncs. Pour les analyses de temps de séjour après première capture en période de migration postnuptiale (c’est-à-dire de l’analyse de survie journalière), le pourcentage d’individus restant sur la station d’un jour à l’autre était de l’ordre de 80-90%, et relativement constant au cours du temps (le modèle sélectionné était toujours phi(.) p(.)). Cela correspond à un temps de séjour de 5-10 jours après la première capture. Il y a là, à nouveau, une opportunité pour comparer des sites sur la base de cette simple valeur, pour identifier des sites où les passereaux paludicoles à resteraient plus longtemps que sur d’autres.

Notons enfin que la qualité de l’organisation sur place a également été particulièrement bien appréciée (9.3). Bravo Albert !

Pour découvrir et partager l’ambiance de ce stage, téléchargez les photos du stage. Tout le monde peut y déposer ses photos.

Encore merci à tous les participants pour leur motivation et leurs encouragements.

Pierre-Yves, Olivier et le CRBPO

 Participants niveaux 1&2

Délégation NOM Prénom
Nord-Pas de Calais BRACQUART Savina
Nord-Pas de Calais BRUNNER Michael
Nord-Pas de Calais CALOIN Frédéric
Nord-Pas de Calais CANNESSON Philippe
Nord-Pas de Calais DUTILLEUL Simon
Nord-Pas de Calais FOURNIER Cindy
Nord-Pas de Calais GHISLAIN Manon
Nord-Pas de Calais GORE Olivier
Nord-Pas de Calais GUILLO Jean-Claude
Nord-Pas de Calais LAIGNEL Julien
Nord-Pas de Calais LENGAGNE Romain
Nord-Pas de Calais MASQUELIER Julien
Nord-Pas de Calais MILLOT Albert
Nord-Pas de Calais PLACE Grégory
Nord-Pas de Calais RONDEL Stéphanie
Nord-Pas de Calais VEILLE Frantz

 Participants niveaux 3

Délégation NOM Prénom
Bretagne FOURCADE Jean-Marc
Nord-Pas de Calais BRACQUART Savina
Nord-Pas de Calais DUTILLEUL Simon
Nord-Pas de Calais FOURNIER Cindy
Nord-Pas de Calais GHISLAIN Manon
Nord-Pas de Calais LAIGNEL Julien
Nord-Pas de Calais MASQUELIER Julien
Nord-Pas de Calais MILLOT Albert
Nord-Pas de Calais PLACE Grégory
Nord-Pas de Calais RONDEL Stéphanie
Nord-Pas de Calais VEILLE Frantz

 Thème du stage niv. 1 & 2

 Buts des stages

Le but de ces deux stages est de donner une introduction approfondie et pratique à la gestion (Niveau 1) et l’analyse (Niveau 2) de données de baguage d’oiseaux avec des méthodes simples, disponibles dans Excel.

Le stage de niveau 1 portera sur la gestion de données : tri, filtre, synthèses et représentations graphiques automatisées à l’aide de tableaux croisés dynamiques, et transformations de données à l’aide de fonctions. L’objectif est de vous fournir des outils vous permettant de vérifier vos données, produire des bilans chiffrés, et préparer les données pour des analyses statistiques (cf. niveau 2).
Le stage de niveau 2 portera sur l’analyse statistique des données. Nous traiterons des méthodes de test de différence de proportions entre des échantillons (p. ex. âge-ratio, taux de retour), de test de différence de moyenne (p. ex. biométrie, indice de condition corporelle, indice de mue, indice de productivité entre sites), et d’analyse de relations entre variables par régression linéaire (p. ex. relation masse - longueur d’aile, masse - date).

En fonction de vos attentes, vous pouvez choisir de ne participer qu’à l’un des deux stages (niveau 1 ou 2), ou aux deux.

Les activités au cours du stage seront de 3 types :

  1. cours ‘théoriques’ pour donner les concepts minimums nécessaires pour comprendre, par type d’analyse, comment collecter et organiser les données, les conditions d’application des tests, la mise en pratique sous Excel, et l’interprétation des résultats ;
  2. mise en application des méthodes sur des jeux de données mis à la disposition des participants (Travaux ‘Dirigés’) ;
  3. mise en application sur les données des participants (Travaux ‘Pratiques’).

Dans le cadre de ce stage, nous n’aborderons pas les analyses statistiques de capture-marquage-recapture (p. ex. estimation d’effectif, de survie locale). Ces analyses sont l’objet du stage de niveau 3. Des stages précédents, il est ressorti qu’il est préférable de suivre le niveau 1&2 avant le niveau 3, sauf pour les personnes ayant eu des cours de statistique (p. ex. à l’université).

 Organisation

Coordinateur et intervenant : Pierre-Yves HENRY (henry@mnhn.fr, 06 71 73 57 75, 01 60 47 92 28)
Intervenant : Olivier DEHORTER (dehorter@mnhn.fr, 01 40 79 30 83)
Logistique et accueil des participants : Albert MILLOT (bebmillot@gmail.com, 06 10 87 85 34), Délégation régionale du CRBPO - Cap-Ornis Baguage.

Matériel fourni :

  • powerpoints des présentations et polycopiés imprimés ;
  • jeux de données pour exercices ;
  • salle équipée pour 20 personnes (tables, chaises, écran, vidéo projecteur, WiFi).
  • possibilité d’utiliser les imprimantes et la photocopieuse de la Station Marine ;
  • cafetière.

Matériel à apporter :

  • un ordinateur par personne avec Excel installé (version 2003 ou plus récent) ;
  • une rallonge, une multiprise et du matériel de prise de note ;
  • des données que vous souhaitez analyser ;
  • produits régionaux, diaporamas et/ou films pour les soirées !

 Programme

NIVEAU 1 – GESTION DE DONNEES

Jour 1
11:00-12:0 Libre Présentations, introduction sur fonctionnement du stage.
14:00-16:00 Cours et TD Gestion de données par tri, filtre et tableau croisé dynamique : principes et applications possibles.
16:00-17:30 TP Problématiques des participants : application aux jeux de données des participants.
Jour 2
9:00-11:00 TP Problématiques des participants (suite).
11:00-12:30 Cours et TD Gestion de données avec des fonctions : principes et applications possibles.
14:00-17:30 TP Problématiques des participants. Préparation de jeux de données pour analyses de proportions, moyennes et régression linéaire.

NIVEAU 2 – ANALYSES DE DONNEES

Jour 3
09:00-10:30 Cours et TD Analyses statistiques classiques. Inclue la présentation des principes statistiques nécessaires et des outils disponibles (test d’hypothèses ; interprétation de tests statistiques, ajustement d’un modèle à des données, fonctions sous excel).
10:45-11:00 Cours et TD Comparaison de proportions.
11:00-12:00 TP Problématiques des participants : analyse de jeux de données impliquant des comparaisons de proportions.
14:00-14:30 Cours et TD Comparaison de moyennes.
14:30-17:00 TP Problématiques des participants : analyse de jeux de données impliquant des comparaisons de moyennes.
Jour 4
09:00-10:00 Cours et TD Corrélation et régression linéaire
10:00-12:00 TP Problématiques des participants. Analyse de jeux de données impliquant des corrélations.
13:30-16:00 TP Problématiques des participants (suite).
16:00-17:00 Libre Foire aux questions, évaluation et départs.

 Agenda

Deux stages de 2 jours consécutifs : le samedi 12 et dimanche 13 octobre 2013 (Niveau 1) et lundi 14 et mardi 15 octobre 2013 (Niveau 2).

 Lieu du stage

Stage : Parc naturel régional des Caps et Marais d’Opale, Maison du Parc, Manoir le Huisbois, 62 Le Wast.

Hébergement : Ferme et gîte de la Vausserie, 62142 Belle et Houllefort. Tél : 03-21-32-56-76 ou 06-66-21-92-54. E-mail : lavausserie@wanadoo.fr
Albert MILLOT s’occupe de centraliser les réservations pour l’hébergement et la restauration.

Modes d’accès :

  • En train : la gare de Saint Omer est la plus proche. Envoyez un e-mail avec vos dates et horaires à Albert MILLOT pour organiser d’éventuels co-voiturages gare-site.

 Hébergement et restauration

Albert Millot centralise les réservations pour l’hébergement (bebmillot@gmail.com).

Restauration sur place : environ 50 € par personne du samedi déjeuner au mardi déjeuner en pension complète (pdj, déjeuners, soupers).

 Participants

Nombre limité à 20 personnes, incluant bagueurs, aide-bagueurs et personnes impliquées dans l’analyse des données de baguage d’oiseaux. Ce quota sera respecté strictement (dans l’intérêt des participants), ainsi les locaux souhaitant participer sont priés de s’inscrire rapidement.

 Frais du stage

Frais de stage : aucun, financé par le CRBPO.
Frais de location de salle : mise à disposition par le Parc Naturel Régional des Caps et Marais d’Opale.
Frais de logement : pris en charge par l’association Cap-Ornis Baguage.
Frais de transport et restauration : à la charge des participants.

 Prise en compte comme formation

Ce stage peut être déclaré comme une formation auprès de votre employeur car il est dispensé par du personnel enseignant-chercheur du Muséum National d’Histoire Naturelle (organisme agréé à dispenser des formations par le Ministère du Travail sous le numéro 1175P009775).

 Thème du stage niv. 3

Le but du stage est de donner une introduction approfondie et pratique aux bagueurs aux analyses statistiques de données de Capture-Marquage-Recapture, c’est-à-dire l’analyse des données de « Capture / Non-capture » d’individus au cours du temps. Dans le cadre de ce stage, nous n’aborderons pas les analyses statistiques « classiques » (p. ex. variations biométriques, comptages ou données de point d’écoute), qui sont abordées dans les stages de niveaux 1 & 2.
NB : l’expérience des précédents stages indique qu’il est préférable d’avoir suivi les niveaux 1 (gestion de données) & 2 (analyses statistiques classiques) avant le niveau 3, sauf pour les personnes ayant eu des cours de statistique (p. ex. à l’université).

Les buts des analyses statistiques abordées seront :

  1. l’estimation et l’analyse des variations du nombre d’individus présents sur un site à une période donnée (cf. taille de population) ;
  2. l’estimation et l’analyse des variations du taux de survie sur un site (cf. probabilité de survie locale).

Les activités au cours du stage seront de trois types :

  1. cours ‘théoriques’ pour donner les concepts minimums nécessaires pour comprendre, par type d’analyse, comment collecter les données, les conditions d’application, la mise en pratique avec le logiciel MARK, et l’interprétation des résultats (je ferai de mon mieux pour que ce soit le plus pratique et le plus court possible) ;
  2. mise en application de la méthode d’analyse sur des jeux de données mis à la disposition des participants (Travaux ‘Dirigés’) ;
  3. planification et mise en application sur les jeux de données des participants (Travaux ‘Pratiques’).

 Organisation

Coordinateur et intervenant : Pierre-Yves HENRY (henry@mnhn.fr, 06 71 73 57 75, 01 60 47 92 28)
Autre intervenant (TP) : Olivier DEHORTER (dehorter@mnhn.fr, 01 40 79 30 83)
Logistique et accueil des participants : Albert MILLOT (bebmillot@gmail.com, 06 10 87 85 34), Délégation Nord-Pas-de-Calais – association Cap-Ornis Baguage

Matériel fourni :

  • powerpoints des présentations
  • polycopiés imprimés
  • jeux de données pour exercices
  • salle équipée pour 14 personnes (tables, chaises, écran, vidéo projecteur).

Matériel à apporter :

  • un ordinateur
  • matériel pour prise de note
  • des données que vous souhaitez analyser
  • une rallonge et une multiprise
  • des produits régionaux, diaporamas ou films pour animer les soirées.

Logiciels à installer sur vos ordinateurs avant le stage (Attention : disponible seulement pour Windows. Si vous avez un Mac, vous devez absolument installer Virtual PC sur votre ordinateur, sinon vous ne pourrez pas faire les applications sur vos données. Si vous avez des problèmes d’installation, contactez Pierre-Yves dès que possible ; n’attendez pas le stage) :

 Programme prévisionnel

Jour 1
11:00-11:15 Libre Présentations, Introduction sur fonctionnement du stage
11:15-12:30 Cours Principe des différentes analyses de CMR (plan d’échantillonnage pour analyses d’effectifs, survie locale, recrutement, émigration, immigration, déplacement entre sites, etc)
14:00-15:00 Cours Etapes d’une analyse de CMR et concepts associés (quelles questions <-> quelles analyses <-> quelles données <-> modèles et test d’hypothèses -> estimations)
15:30-17:00 Cours - TP Estimer un effectif. Présentation des logiciels et concepts, avec mise en application simultanée sur une étude de cas
Jour 2
09:00-12:30 TP Problématiques des participants. Analyses d’effectifs sur les données des participants.
14:00-17:30 Cours - TD Analyser la probabilité de survie locale. Présentation intégrée des logiciels et concepts nécessaires, avec mise en application simultanée sur une étude de cas. Inclue la présentation des principes statistiques nécessaires (mise en forme de données, test d’ajustement, construction de modèles pré-définis, interprétation).
Jour 3
09:00-17:30 TP Problématiques des participants. Analyses de survie sur les données des participants.
Cours - TD Intermèdes de cours sur des raffinements pour l’analyse de la survie (effets de groupes, du temps, covariables individuelles, hétérogénéité de la probabilité de recapture).
Jour 4
08:00-16:00 TP Problématiques des participants. Approfondissement des analyses de survie sur les données des participants.

 Agenda

Stage de 4 jours consécutifs (samedi au mardi) : 30 Novembre - 3 Décembre 2013

 Lieu du stage

  • En train : la gare de Saint Omer est la plus proche. Envoyez un e-mail avec vos dates et horaires à Albert MILLOT pour organiser d’éventuels co-voiturages gare-site.

 Restauration

Albert Millot centralise les réservations pour l’hébergement (bebmillot@gmail.com).

Restauration sur place : environ 50 € par personne du samedi déjeuner au mardi déjeuner en pension complète (pdj, déjeuners, soupers).

 Participants

Nombre limité à 14 personnes, incluant des bagueurs, des aide-bagueurs et autres personnes impliquées dans l’analyse des données de baguage.

 Frais du stage

Frais de stage : aucun, financé par le CRBPO,
Frais de transport, restauration, taxe de séjour : à la charge des participants,
Frais de logement : aucun, financé par Cap-Ornis Baguage.

 Prise en compte comme ’Formation’

Ce stage peut être déclaré comme une formation continue auprès de votre employeur car il est dispensé par du personnel enseignant-chercheur du Muséum National d’Histoire Naturelle (organisme agréé à dispenser des formations par le Ministère du Travail sous le numéro 1175P009775 ; numéro de SIRET 18004417400019).