Thème du stage
Le but du stage est de donner une introduction approfondie et pratique aux bagueurs aux analyses statistiques de données de Capture-Marquage-Recapture, c’est-à-dire l’analyse des données de « Capture / Non-capture » d’individus au cours du temps. Dans le cadre de ce stage, nous n’aborderons pas les analyses statistiques « classiques » (p. ex. variations biométriques, comptages ou données de point d’écoute), qui sont abordées dans les stages de niveaux 1 & 2.
NB : l’expérience des précédents stages indique qu’il est préférable d’avoir suivi les niveaux 1 (gestion de données) & 2 (analyses statistiques classiques) avant le niveau 3, sauf pour les personnes ayant eu des cours de statistique (p. ex. à l’université).
Les buts des analyses statistiques abordées seront :
- l’estimation et l’analyse des variations du nombre d’individus présents sur un site à une période donnée (cf. taille de population) ;
- l’estimation et l’analyse des variations du taux de survie sur un site (cf. probabilité de survie locale).
Les activités au cours du stage seront de trois types : - cours ‘théoriques’ pour donner les concepts minimums nécessaires pour comprendre, par type d’analyse, comment collecter les données, les conditions d’application, la mise en pratique avec le logiciel MARK, et l’interprétation des résultats (je ferai de mon mieux pour que ce soit le plus pratique et le plus court possible) ;
- mise en application de la méthode d’analyse sur des jeux de données mis à la disposition des participants (Travaux ‘Dirigés’) ;
- planification et mise en application sur les jeux de données des participants (Travaux ‘Pratiques’).
Organisation
Coordinateur et intervenant : Pierre-Yves HENRY (henry@mnhn.fr, 06 71 73 57 75, 01 60 47 92 28)
Autre intervenant (TP) : Jérôme FOURNIER (fournier@mnhn.fr)
Logistique et accueil des participants : Jérôme FOURNIER (fournier@mnhn.fr, 02 23 18 58 83), CRBPO - Station marine de Dinard, et Bernard ILIOU, Délégation régionale Bretagne du CRBPO (bernard.iliou@wanadoo.fr, 0676313592)
Matériel fourni :
- powerpoints des présentations
- polycopiés imprimés
- jeux de données pour exercices
- salle équipée pour 14 personnes (tables, chaises, écran, vidéo projecteur).
Matériel à apporter :
- un ordinateur
- matériel pour prise de note
- des données que vous souhaitez analyser
- une rallonge et une multiprise
- des produits régionaux, diaporamas ou films pour animer les soirées.
Logiciels à installer sur vos ordinateurs avant le stage (Attention : disponible seulement pour Windows. Si vous avez un Mac, vous devez absolument installer Virtual PC sur votre ordinateur, sinon vous ne pourrez pas faire les applications sur vos données. Si vous avez des problèmes d’installation, contactez Pierre-Yves dès que possible ; n’attendez pas le stage) :
- MARK, à télécharger sur : _ http://welcome.warnercnr.colostate.edu/ gwhite/mark/mark.htm#Downloading ‘New Version …’. Pour les problèmes d’installation sous Vista et Mac, voir : http://warnercnr.colostate.edu/ gwhite/mark/mark.htm#Downloading
- U-CARE, à télécharger en deux étapes : (1) installer LIBRARIES (STEP 1), puis (2) installer U-CARE. Les fichiers d’installation sont disponibles sur : http://www.cefe.cnrs.fr/fr/recherche/bc/bbp/1045-desc/264-logiciels.
Si U-Care ne se lance pas sur Vista, désinstaller les Libraries et U-Care 2.3, et installer les version 7.2 des deux paquets (cf. forum de U-Care : http://www.phidot.org/forum/viewtopic.php?t=820&highlight=vista).
Si cela vous donne le message d’erreur suivant : ’MCRInstaller_M_7_17_x64.exe is not a valid Win32 application’ (alors que ça ne semble pas logique...), récupérez les librairies MATLAB adaptée directement sur le site de MATLAB, en prenant bien la version qui correspond aux librairies de compilation de la version de U-Care que vous allez installer. P.ex. si il est indiqué U-CARE version MCR 7.17, prenez la librairie R1202a (7.17). Pour plus d’info sur cette solution, voir le forum U-Care. - CLOSE-TEST, à télécharger sur http://www.fort.usgs.gov/Products/Software/Clostest/. NB1 : Pour ceux fonctionnant avec Windows 7, le fichier d’installation est à télécharger sur https://www.cloud.sfr.fr/?shareObject=c971a3a9-5ec2-e856-6e0c-6d57d0d09d99. NB2 : les versions 32 bit de logiciels fonctionnent (normalement) sur des machines 64, MAIS pas l’inverse. Attention, si on utilise une version 32, toutes les librairies doivent être 32.
- TEXTPAD, à télécharger sur http://www.01net.com/telecharger/windows/Bureautique/editeur_de_texte/fiches/3689.html
Programme prévisionnel
| 14:00-15:30 | Cours | Principe des différentes analyses de CMR (plan d’échantillonnage pour analyses d’effectifs, survie locale, recrutement, émigration, immigration, déplacement entre sites, etc) |
| 15:30-16:30 | Cours | Etapes d’une analyse de CMR et concepts associés (quelles questions <-> quelles analyses <-> quelles données <-> modèles et test d’hypothèses -> estimations) |
| 16:30-18:00 | Cours - TP | Estimer un effectif. Présentation des logiciels et concepts, avec mise en application simultanée sur une étude de cas |
| 09:00-12:30 | TP | Problématiques des participants. Analyses d\’effectifs sur les données des participants. |
| 14:00-17:30 | Cours - TD | Analyser la probabilité de survie locale. Présentation intégrée des logiciels et concepts nécessaires, avec mise en application simultanée sur une étude de cas. Inclue la présentation des principes statistiques nécessaires (mise en forme de données, test d’ajustement, construction de modèles pré-définis, interprétation). |
| 09:00-17:30 | TP | Problématiques des participants. Analyses de survie sur les données des participants. |
| Cours - TD | Intermèdes de cours sur des raffinements pour l’analyse de la survie (effets de groupes, du temps, covariables individuelles, hétérogénéité de la probabilité de recapture). |
| 08:00-17:00 | TP | Problématiques des participants. Approfondissement des analyses de survie sur les données des participants. |
Agenda
Stage de 4 jours consécutifs (mardi au vendredi) : 24 au 27 mars 2015
Lieu du stage
Station marine du Muséum National d’Histoire Naturelle à Dinard, 38 rue du Port Blanc, 35800 Dinard.
Modes d’accès
- En voiture : à Dinard, il faut se diriger vers la plage du Port Blanc, près du vieux quartier de Saint-Enogat (commerces, restaurants, bars, hôtels) en suivant les panneaux indicateurs ‘Saint-Enogat / Port Blanc’. La Station Marine se situe près de la Thalassothérapie de Dinard, dans la rue du Port Blanc. Le parking de la Station Marine sera ouvert aux participants. Localiser avec Mappy ou ViaMichelin
- En train : la gare de Saint-Malo est la plus proche. Il existe un service de bus en partance de la gare (réseau départemental de l’Ille-et-Vilaine ILLENOO), ligne 16A Saint-Malo – Dinard – Saint-Briac : arrêt Dinard Port Blanc. Horaires ici.
Hébergement et restauration
Bernard Iliou centralise les réservations pour l’hébergement (bernard.iliou@wanadoo.fr.
L’hébergement ainsi que la restauration se feront au CREPS de Dinard qui se trouve à quelques centaines de mètres de la station marine.
Chambre double ou triple.
Les tarifs par jour sont de :
| Pension complète : nuit, petit dèj, 2 repas | 37 Euros |
| Pension : nuit et petit dèj | 25 Euros |
| Repas | 7 Euros |
Participants
Nombre limité à 14 personnes, incluant des bagueurs, des aide-bagueurs et autres personnes impliquées dans l’analyse des données de baguage. Ce quota sera respecté strictement (dans l’intérêt des participants), ainsi les locaux souhaitant participer sont priés de s’inscrire rapidement.
Frais du stage
Frais de stage : aucun (financé par le CRBPO, et locaux mis à disposition par la Station marine de Dinard)
Frais de transport, restauration, hébergement : à la charge des participants
Prise en compte comme ’Formation’
Ce stage peut être déclaré comme une formation continue auprès de votre employeur car il est dispensé par du personnel enseignant-chercheur du Muséum National d’Histoire Naturelle (organisme agréé à dispenser des formations par le Ministère du Travail sous le numéro 1175P009775 ; numéro de SIRET 18004417400019).
